Newick: raggruppa le specie affini tra parentesi; aggiungi :0.5 dopo un nome per la lunghezza del ramo. Oppure elenca le specie, una per riga.
Incolla una stringa Newick o elenca semplicemente le tue specie una per riga, e questo generatore di alberi filogenetici disegna nel browser un albero evolutivo pulito: nodi per gli antenati comuni, punte per le specie e un riepilogo in una riga di quante specie e quanti nodi ha l’albero. Passa alla vista con le lunghezze dei rami per vedere la divergenza in scala, poi scarica il disegno in PNG, JPG o SVG. È un generatore di alberi filogenetici adatto a compiti, presentazioni e articoli, senza account e senza nulla da installare.
Newick è il formato di testo che ogni programma di filogenetica legge. Le specie che condividono un antenato vanno tra parentesi, i gruppi si annidano dentro altri gruppi e un punto e virgola chiude l’albero. (((Uomo,Scimpanzé),Gorilla),Orango); dice che uomo e scimpanzé si sono separati più di recente, il gorilla si è staccato prima di loro e l’orango prima di tutti. I nomi possono essere tra virgolette o usare trattini bassi al posto degli spazi, e un’etichetta scritta dopo una parentesi chiusa dà un nome a quell’antenato.
Una lista semplice è più rapida quando conosci solo l’ordine di parentela. Scrivi le specie una per riga, con i parenti più stretti vicini, e il generatore accoppia i vicini in un albero bilanciato. Cinque nomi danno un albero con quattro nodi; la stringa Newick generata compare sotto l’input, così puoi correggere il raggruppamento a mano.
Aggiungi :0.6 dopo un nome o un gruppo per dare a quel ramo una lunghezza, misurata in sostituzioni per sito, milioni di anni o qualunque unità usino i tuoi dati. Quando ogni ramo ha una lunghezza, sopra l’albero compare il selettore Lunghezze rami. In quella vista ogni specie si trova alla sua distanza totale dalla radice, quindi una punta molto a destra è cambiata di più, e due punte allineate sono divergenti da altrettanto tempo. Senza lunghezze l’albero è un cladogramma: solo l’ordine delle ramificazioni ha significato e le punte si allineano.
Un albero con n specie ha n − 1 nodi quando ogni divisione è a due vie. Tre o più specie che pendono da un solo nodo, (A,B,C), formano una politomia, una divisione non risolta che il generatore disegna a ventaglio.
L’albero è disegnato in SVG, quindi i download PNG e JPG sono resi a risoluzione doppia per presentazioni e schede di lavoro, e il file SVG si apre in Inkscape o Illustrator per ulteriori modifiche. Il pulsante di condivisione copia un link che contiene il testo Newick, e lo stesso albero si apre per chiunque lo segua. Per un albero che mostra le relazioni senza lunghezze, il generatore di cladogrammi parte da un classico esempio sui vertebrati.
Metti le specie che condividono un antenato comune tra parentesi, separale con virgole e termina con un punto e virgola: ((Uomo,Scimpanzé),Gorilla); significa che uomo e scimpanzé sono i più vicini e il gorilla si unisce a loro subito dopo. Aggiungi due punti e un numero dopo un nome o un gruppo per la lunghezza del ramo, come in Uomo:0.6.
Un cladogramma mostra solo l'ordine delle ramificazioni, quindi tutte le punte si allineano a destra. Un filogramma disegna ogni ramo in scala con la sua lunghezza, che rappresenta il tempo o la quantità di cambiamento genetico. Il generatore disegna un cladogramma per impostazione predefinita e offre la vista con le lunghezze dei rami quando ogni ramo ha una lunghezza.
Sì. Scrivi una specie per riga e lo strumento accoppia i nomi vicini in un albero bilanciato. Ordina la lista in modo che le specie che vuoi raggruppare siano una accanto all'altra, poi modifica la stringa Newick generata per perfezionare la ramificazione.
Un punto blu è un nodo, l'antenato comune più recente di tutto ciò che sta alla sua destra. Un punto verde è una punta, una delle specie che hai inserito. Qualsiasi etichetta scritta dopo una parentesi chiusa compare accanto al suo nodo come nome del gruppo.
Scegli PNG o JPG per presentazioni e documenti oppure SVG per modificarlo in un programma vettoriale, poi premi Scarica. Il pulsante di condivisione copia un link che contiene il testo dell'albero, così lo stesso albero si apre per chiunque lo segua.